絕大多數植物色素無副作用，安全性高。植物色素大多為花青素類、類胡蘿蔔素類、黃酮類化合物，是一類生物活性物質，是植物藥和保健食品中的功能性有效成分。鑑於植物色素作為著色用添加劑而應用於食品、藥品及化妝品中，用量達不到醫療及保健品的量效比例。在保健食品應用中，這一類植物色素可分別發揮增強人體免疫機能、抗氧化、降低血脂等輔助作用；在普通食品中有的可以發揮營養強化的輔助作用及抗氧化作用。
植物色素的著色色調比較自然，既可增加色調，又與天然色澤相近，是一種自然的美植物色素在植物體中含量較少，分離純化較為困難，其中有的共存物存在時還可能產生異味，因此生產成本較合成色素高。
大部分植物色素對光、熱、氧、微生物和金屬離子及值變化敏感，穩定性較差；使用中一部分植物色素須添加氧化劑、穩定劑方可提高商品的使用周期。大部分植物色素染著力較差，染著不易均勻，不具有合成色素的鮮麗明亮。植物色素種類繁多，性質複雜，就一種植物色素而言，應用時專用性較強，應用範圍有一定的局限性。
